主要分为公共必修课和公共选修课，涉及政治课程、英语课程、数学课程以及学术与文化素质课程等。
在硕士学位课程的基础上进行拓宽和加深，注重综合性、前沿性、交叉性和衔接性，部分课程可与教师的最新研究成果相结合。
博士生选修培养方案以外的其他课程，为非学位课程，所获学分记非学位课程学分。
对于同等学力或跨学科、专业考入的博士生，在导师指导下必须补修本学科、专业硕士生的学位课程（基础理论课及专业课）1-3门，不计学分。
重点考察博士生是否掌握了坚实和宽广的学科基础和专门知识并加以运用，是否具备独立从事科研工作的能力、科研素质以及学术道德、外语应用能力。综合考试通过后方可进行论文选题报告。
博士生在整个学习期间，必须听取有关学科的专家、学者的学术报告、学术讲座至少8个（本人至少主讲1次）。
博士生在开题前应结合学位论文选题，完成字数不少于5000汉字的文献综述报告。文献综述报告的内容包括：国内外当前现状，发展趋势，存在的问题及自己的见解等。文献综述报告引用的参考文献不得少于50篇。
博士生入学后应在导师的指导下，根据自己所选定的研究方向和学位论文课题要求，查阅大量的国内外相关文献，撰写文献综述报告。确定学位论文选题，并就选题的科学根据、目的、意义、研究内容、预期目标、研究方法、课题可行性等作出论证。博士生应在第三学期内完成论文文献综述与选题报告。通过博士论文资格审查后，博士生即可进入博士论文工作阶段。
论文课题进行到中期（选题后一年左右），由博士生在系（室）、所组织的学术会议上作论文阶段进展报告，汇报论文工作进展情况，提出下一阶段的计划和措施，并形成书面报告交与会者审议。
各学科研究生申请博士学位论文答辩前应按下表相关要求发表学位论文。
| 在SCI、EI(核心版)、SSCI和A&HCI刊源中的国外期刊上或在SCI（光盘版）刊源中的国内外文期刊上发表学位论文一篇。
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| 在SSCI、SCIE、EI（核心板）刊源的国内期刊上或校学位评定委员会认定的高水平期刊上发表学位论文两篇。
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| 在SSCI、SCIE、EI（核心板）刊源期刊上或校学位评定委员会认定的高水平期刊上发表学位论文一篇，并在CSSCI、CSCD刊源期刊（核心版）上发表学位论文两篇。
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注：1、申请理学学科门类博士学位者，应达到“标准一”要求。
2、申请工学学科门类博士学位者，应达到“标准一”或“标准二”。
3、申请法学、经济学、管理学学科门类及建筑学一级学科博士学位，应达到“标准一”、“标准二”或“标准三”其中之一标准要求。
博士学位论文应由博士生独立完成，导师应定期了解情况，给予必要的指导。要求博士学位论文资料可靠，观点鲜明，理论正确，思路清晰，有独到见解和创新性研究成果。按照《中华人民共和国学位条例》、《重庆大学学位授予工作细则》和学校对博士研究生申请学位科研成果的相关规定和要求进行学位论文评阅和答辩，答辩通过者，经学位评定分委员会讨论通过，校学位评定委员会审核批准，授予博士学位。
博士生学位论文答辩的具体要求以及学位审批手续及程序见《重庆大学学位授予工作实施细则》和相关程序及流程。
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2、Applied Thermal Engineering
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6、Environmental Modelling&Software
7、Environmental Science &Policy
八、跨一级学科考入的研究生补修大学本科主干课程要求及课程目录
1、对跨一级学科考入的博士研究生，应在导师指导下确定1-3门本学科的硕士主干课程作为补修课程。补修课程不计学分，考试成绩如实记载。
论文的评审与答辩按照《重庆大学研究生手册》及相关文件的要求执行。
修满规定学分，并通过论文答辩者，则准予毕业，并发给毕业证书；经院学位评定分委员会审核，报校学位评定委员会讨论通过后方可授予博士学位，并发给学位证书。
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